El nombre de este municipio lo origina una taberna situada en terrenos de Manuel Reyes. Al ampliarse los ferrocarriles de La Habana y Matanzas, cerca del establecimiento se producía la convergencia de las líneas férreas, lo que hizo que el lugar comenzara a conocerse con el nombre de Unión en el punto de Reyes.

De ello se derivó la denominación de Unión de Reyes. La presencia aborigen en este territorio se hace evidente en la zona sur que bordea la Ciénaga Occidental de Zapata, donde el sitio de un enterramiento del mesolítico demuestra la presencia de los primitivos pobladores.